苏北医院呼吸科始建于1954年，2003年成为扬州市首批临床重点专科，2007年获批为国家药物临床验证基地，2013年成为江苏省重点专科，2015年获中国肺癌联盟肺部小结节早期诊断扬州分中心，2017年加入中日医院医联体。现由两个专科病区、呼吸重症监护室（RICU）、呼吸综合功能室（包括气管镜室、胸腔镜室、肺功能及雾化治疗室、诱导痰细胞检查室）、专科实验室等5个部分组成，设有呼吸专科床位123张，RICU 10张，与ICU共管床位5张。
先后开设了支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、戒烟、肺癌等专科（病）门诊及肺部小结节多学科联合诊疗门诊，并率先在江苏省开设慢性咳嗽特色门诊。对呼吸科常见病支气管哮喘、肺部感染、慢性阻塞性肺疾病、胸膜疾病、肺部肿瘤及疑难重症的诊治水平在苏北地区名列前茅。全科已经形成了以肺癌与肺脏介入诊疗，呼吸重症与感染，慢阻肺、哮喘与睡眠，肺间质病与肺血管病为主要研究方向的集医教研于一体全方位发展的临床科室。
呼吸内科现有专科医生25人，科主任徐兴祥教授，副主任闵凌峰副教授及许文景副主任医师，医生中绝大多数具有硕士以上文凭，其中有主任医师8名，副主任医师5名，博士6名，硕士17名，大多来自北京协和、华西、湘雅、第三军医大等国内知名医学院校，日本、德国、美国、以色列留学归国人员6人，副高职称及以上人员大多为省呼吸分会各学组成员；专科护士51人，大多为本科学历。近3年呼吸科培养研究生30余名，博士后3名。
我科主要专科特色如下：
1、肺癌的规范化治疗及科研，2009年我科联合胸外科、放化疗科、病理科、影像科成立了肺癌诊治中心，实现多学科联合诊治及诊治的规范化、常规化；同时注重医教研一体化工作，于2009年开展了循环血肿瘤细胞及恶性胸腔积液中肿瘤细胞在肺癌个体化治疗和实时疗效评估的研究，建立了肿瘤细胞阴性富集法并开发了试剂盒，获得江苏省“六大人才高峰”及江苏省临床医学专项项目资助。这项工作改进了传统方法，大大提高了肿瘤细胞富集率，此技术在国内外均处于领先地位，并已经推广到广州、上海等医院。另外肺癌数据库及标本库的建设已经初具规模。
2、呼吸介入诊疗：我科于2013年率先成立了介入诊疗组，介入组共有5名医师，分别在北京天坛医院、上海第二军医大学长海医院、江苏省人民医院、广东顺德市人民医院、西安第四军医大学唐都医院针对呼吸介入诊疗及纤维支气管镜无痛技术进行短期培训或长期进修，据每个人特长对TBNA、TBLB、CT引导下经皮肺穿刺、APC、冷冻、球囊扩张、气道支架及胸腔镜技术进行了严格的分工、并在江苏省率先进行无痛支气管镜检查，将胸腔镜下难治性气胸的诊疗、重度COPD经支气管镜减容术、TBNA及大气道的介入诊疗作为重点攻关的亚专业方向，并改良了CT引导下经皮肺穿刺活检术，以减少气胸并发症的发生。
3、肺结节的诊治，我科积极开展肺部结节的早期筛查工作，现为中国肺癌联盟肺结节诊治中心扬州分中心，2016年底开设肺部小结节MDT门诊（每周二下午），同时引进了人工智能诊断系统，全面开展该方面医教研工作，形成了我科的专科特色。
3、呼吸重症以及疑难病的诊治，承担呼吸危重患者的临床救治工作，有独立的呼吸重症监护室，平均每年500例左右，擅长重症肺部感染、严重呼吸衰竭、呼吸窘迫综合症等疾病的救治及机械通气等生命支持技术，并以我科为基础承担了内科疑难病大查房工作，多次邀请全国知名专家参加内科大查房并向全国实况转播。
4、慢性咳嗽门诊，2009年我科率先在江苏开设了首家慢性咳嗽门诊，由（副）主任医师坐诊，门诊时间为每周一上午，平均月门诊人次为200左右，逐步完善慢性咳嗽诊治流程及检查方法，开设了雾化门诊，并进行了苏北、扬州地区慢性咳嗽病种流行病学调查。
5、慢性阻塞性肺疾病（COPD）、支气管哮喘与睡眠疾病，
我们开展了COPD规范诊疗及个体化治疗研究，并开展慢病管理、引进了人工智能在管理中的应用，并建立了相应的数据库，2016年7月份在国内率先成立了一站式门诊综合功能室，并和国内外知名院校开展了相应的临床科研合作。
呼吸科十分重视临床科研工作，并且具有较好的基础及人才储备，我科曾多次参加国家及军队有关ARDS重大课题的申请与研究。曾获得相关的军队科技进步二等奖，山东省、四川省科技进步三等奖项各1项，扬州市科技进步二等奖1项、三等奖多项;江苏省新技术引进二等奖1项、扬州市新技术引进奖一等奖5项;获得国家发明专利1项，实用新型专利7项，获得973分课题1项，近三年肺癌的研究分别获得了江苏省六大人才高峰、江苏省重大医学专项、省博士后基金、省青年基金以及4项国家自然科学基金的资助，并和南京军区总医院呼吸科共同成功申报了2013年江苏省重大医学专项。呼吸科近3年来发表文章70余篇，其中SCI 9 篇，中华系列10余篇，主编专著及教材2部，参编专著5部，参与4项指南及专家共识的起草。一人为《中华肺部疾病杂志》编委、《中国细胞生物学报》审稿专家，近年来我们先后与美国哈佛大学医学院、UCSF、耶鲁大学纽黑文医院，德国弗赖堡大学附属医院、以色列SHEBA建立了广泛的交流合作，先后邀请了来自美国的Mark Shuman教授和Saimove教授，以色列Issahar Ben Dov教授来科交流讲学，并选派了6名同志赴美国、以色列和德国进修学习，取得了较好的效果。本科承担湘雅医学院、大连医科大学、扬州大学医学院硕士研究生培养，也是我院博士后流动站点之一。还承担了扬州大学医学院本科及留学生班的诊断和呼吸内科的课堂教学和实习任务，接受南京医科大学等多所学校的实习生和一级、二级医院进修医师以及呼吸专科进修医师的培养任务，承担本地及邻近地区的医疗会诊，多次承担国家及省级继续教育项目，为扬州及周边地区提供了优质的医疗服务。